Stranded deep kostenlos downloaden chip

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Biologen verwenden häufig ChIP-seq-Daten, um Kandidaten-Regulierungsregionen zu identifizieren, die von Interesse sind. Wenn es darum geht, einige Beispiele für regulatorische Bereiche zu finden, die an einen Faktor gebunden sind, können Daten von bescheidener Qualität immer noch nützlich sein, wenn sie mit einer genauen Inspektion der ChIP-Signale und der entsprechenden Kontrollen kombiniert werden, bevor sie in funktionale und/oder Mutagenesestudien investieren. Wenn jedoch eine umfassende Sammlung aller Kandidaten-Regulierungsregionen ermittelt werden soll, die an einen Faktor gebunden sind, sind sehr hochwertige und tief sequenzierte Datensätze erforderlich. Die Beziehung der ChIP-Signalstärke zur biologischen Regulierungsaktivität ist ein aktueller Bereich aktiver Untersuchungen. Die biologische Aktivität bekannter Enhancer, die in der Literatur unabhängig von ChIP-Daten definiert sind, ist ziemlich weit im Verhältnis zur ChIP-seq-Signalstärke verteilt (Ozdemir et al. 2011; G DeSalvo, G Marinov, K Fisher, A Kirilusha, A Mortazavi, B Williams und B würden, in Der Vorbereitung. Einige hochaktive Transkriptionsverstärker zeigen reproduzierbar bescheidene ChIP-Signale an (Abb. 4B). Dies bedeutet, dass man nicht von vornherein einen spezifischen Zielschwellenwert für die ChIP-Spitzenzahl oder die ChIP-Signalstärke festlegen kann, der die Einbeziehung aller funktionalen Standorte sicherstellung (siehe Diskussion). Daher besteht ein praktisches Ziel darin, die Standortermittlung zu maximieren, indem die Immunpräzipitierung optimiert und die Sequenzierung innerhalb angemessener Kostenbeschränkungen tief getroffen wird.

Für Punkt-Quellen-Faktoren in Säugetierzellen werden von ENCODE mindestens 10 Millionen eindeutig zugeordnete Lesevorgänge für jede biologische Replikation verwendet (mit mindestens 20 Millionen eindeutig zugeordneten Lesevorgängen pro Faktor); für Würmer und Fliegen werden mindestens 2 Millionen eindeutig zugeordnete Lesevorgänge pro Replikation verwendet. Für weite Anreicherungsbereiche wird derzeit die entsprechende Anzahl von eindeutig kartierten Lesevorgängen untersucht, aber mindestens 20 Millionen eindeutig kartierte Lesevorgänge pro Replikation für Säugetierzellen und 5 Millionen eindeutig kartierte Lesevorgänge pro Replikation für Würmer und Fliegen werden derzeit für die meisten Experimente produziert. Nukleosomarchitektur von Promotern: Mit ChIP-seq wurde festgestellt, dass Hefegene eine minimale nukleosome-freie Promotorregion von 150bp zu haben scheinen, in der RNA-Polymerase die Transkription initiieren kann. [10] Nach der Immunanreicherung werden Querverbindungen umgekehrt und die angereicherte DNA gereinigt und für die Analyse vorbereitet. In ChIP-Chip wird die DNA fluoreszierend markiert und zu einem DNA-Mikroarray hybridisiert, zusammen mit differenziell beschrifteter Referenz-DNA (Ren et al. 2000; Iyer et al. 2001). In ChIP-seq wird die DNA durch DNA-Sequenzierung mit hohem Durchsatz analysiert. Das ENCODE-Konsortium entschied sich für ChIP-seq für Mensch- und Mausexperimente, da es eine umfassende Abdeckung großer Genome zulässt und die Auflösung der Site erhöht (Johnson et al. 2007; Robertson et al.

2007). Für Organismen mit kleinen Genomen hat das modENCODE-Konsortium sowohl ChIP-Chip als auch ChIP-seq verwendet, da moderne Arrays eine hochauflösende Abdeckung kleiner Genome bieten können (Gerstein et al. 2010; Roy et al. 2010). In allen Formaten identifizierten wir vermeintlich angereicherte genomische Regionen, indem wir ChIP-Signale in der Versuchsprobe mit einer ähnlich verarbeiteten Referenzprobe verglichen, die aus entsprechendem Kontrollchromatin oder einer Kontrollimmunpräzipation hergestellt wurde. Alle in der Analyse verwendeten Datensätze wurden für Public Viewing und Download auf den Portalen ENCODE (encodeproject.org/ENCODE/) und modENCODE (www.modencode.org/) hinterlegt.

By |2020-06-16T20:22:32+00:00Czerwiec 16th, 2020|Bez kategorii|0 Comments

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